第一点区别，核定征收主要是用在有账簿，但账簿只能清楚核算收入或只能清楚核算成本的纳税人，而查账征收适用于账簿、凭证、会计等核算制度比较健全，能够提供准确的纳税资料的纳税人。
第二点区别，核定征收与查账征收的在计算应纳税所得额上，计算方式是不同的。核定征收在计算应纳税额上，会使用定额征收或者核定应税所得率征收这两种方式计算；而查账征收是根据应纳税所得额=应税收入额×应税所得率×适用税率，这个公式来计算的
核定征收是根据门市房所在区域基准价格核定征收的方式征税，差额征收是根据买卖双方成交价格的差额核定税收比例，两者的区别是一个相对固定的核算税费标准，另外一个是相对浮动的核算征税标准，区别在于税费的高低比例。
